在西游世界里，菩提祖师就如外星人一般存在。他的出现似乎就是为了教孙悟空法术，教完之后，他就和众多弟子一起，消失得无影无踪。
除了孙悟空，似乎再无别人知道他曾经存在过。就连拥有一双慧眼的如来，好像也不知道，他曾对众佛这样说：
“我观四大部洲，众生善恶，各方不一……我西牛贺洲者，不贪不杀，养气潜灵，虽无上真，人人固寿。”
以菩提祖师的法力，怎么不能算上真？如来这话，表示他真的不知道菩提吗？
要知道，这菩提就在这西牛贺州的灵台方寸山上。虽然他为人低调，喜欢隐居山林，但是他广招学徒，从他那里毕业出去的弟子不计其数；而且他弟子的排辈排到孙悟空这辈已经是第十代了，足见菩提在灵台方寸山教徒已经不是一天两天的事了。
再者，如来的修为那是相当的高，一双慧眼能前知一万年，后知一万年。青牛精拿着太上老君的圈子下界作怪，他在灵山看一眼就明白事情的全部经过。菩提私建学院，干那么大的事，他可能不知道？
原著中，孙悟空把天宫搅得翻天地覆，很多天将都拿不住猴子，玉帝即下旨宣召如来佛前来救驾。如来一看事情紧急，马上出发，临走时，偏对众菩萨交待：“千万不要乱了阵脚，等我救驾归来。”
他为何要警告众菩萨不要乱了阵脚？
如来佛来到天庭，与孙悟空交谈了几句话，主要问他来历，以及为何要大闹天宫。孙悟空道：“我本——
天地生成灵混仙，花果山中一老猿。
水帘洞里为家业，拜友寻师悟太玄。
炼就长生多少法，学来变化广无边。
因在凡间嫌地窄，立心端要住瑶天。
灵霄宝殿非他久，历代人王有分传。
强者为尊该让我，英雄只此敢争先。
简单点说，就是凡间地太窄了，我想到天庭来住住。皇帝轮流坐，现在该轮到我了。我比玉帝强，他就该让我。
如来听完，呵呵一 声冷笑道：
“你那厮乃是个猴子成精，焉敢欺心，要夺玉皇上帝尊位？……你那个初世为人的畜生，如何出此大言！不当人子，不当人子！折了你的寿算！趁早皈依，切莫胡说！但恐遭了毒手，性命顷刻而休，可惜了你的本来面目！”
以上这句话，说明他对孙猴子是知根知底的；也说明如来不可能不知道菩提祖师的存在。
那么如来为何又不肯给众佛和孙悟空讲实话呢？应该有以下两个原因：
首先，如来的西天取经项目是经过长时间的策划，如今即将实施，一些秘密的内容，是不可能透露的。更何况孙悟空是如来选定的取经团成员之一，他要是知道内幕哪里还肯去保护唐僧西天取经？
其次，你看如来对孙悟空说的那些话蕴含了什么？本来孙悟空犯错了，他直接将猴子按倒在山脚下就了事。可是，他居然再三劝解猴子，并警告他小心遭了毒手。遭谁的毒手，当然不可能是自己的，显然是另有所指。他这番话，透露自己与猴子是一家人。
最后，如来把孙悟空压在五行山后，还做了一件事，召了山神和土地看管，让他们侍候好孙猴子：饥时给他吃个铁的丸子；渴了，就给他喝点铜汁饮料。
这不是害孙悟空，而是如来另有用意。他如此用苦良心，自然是有目的的。
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